Nel respingere la richiesta di archiviazione, il gip ha disposto l'imputazione coatta per Luca Lucciardi, ufficiale della Marina che coordinava la nave Libra, e Leopoldo Manna, responsabile della centrale operativa della Guardia Costiere. Secondo il gip devono rispondere di rifiuto di atti d'ufficio e di omicidio colposo per aver «colpevolmente ritardato», è detto nel provvedimento di 27 pagine, l'intervento della nave militare italiana. Lo stesso gip ha anche ordinato al pm di eseguire ulteriori indagini in relazione alla posizione di Catia Pellegrino, comandate della Libra all'epoca dei fatti, e con particolare riferimento a delle chiamate che il pilota maltese di un velivolo sostiene aver effettuato, senza ricevere risposta, dopo aver sorvolato il barcone di migranti. La Pellegrino sostiene di non aver ricevuto chiamate.
Il gip ha infine disposto l'archiviazione delle posizioni di Nicola Giannotta e Filippo Maria Foffi (Marina) nonché di Clarissa Torturro e Antonio Miniero (Guardia Costiera).
Quanto a Lucciardi e Manna, il gip ritiene che abbiano ritardato la decisione di intervenire (in un primo momento il coordinamento del soccorso era stato assunto da Malta) una volta ricevuto dall'isola del Mediterraneo, alle 16.22 dell'11 ottobre 2013, la richiesta di far intervenire la Libra in quanto più vicina al barcone di migranti. «Prendiamo atto della decisione - ha commentato l'avvocato Luca Ciaglia, difensore di Manna - e siamo certi di poter provare la mancanza di responsabilità del nostro assistito e, più in generale, delle autorità italiane».